La méthanisation est le processus naturel biologique de dégradation de la matière organique en absence d'oxygène. Il se produit naturellement dans certains sédiments, les marais, les rizières, les décharges, ainsi que dans le système digestif de certains animaux. Il conduit à la production de biogaz, constitué de méthane en mélange avec d’autres gaz tels que le CO2, et de digestat.

La méthanisation de substrats agricoles consiste à récupérer et valoriser des effluents d’élevages mais aussi des résidus végétaux ou encore des cultures intermédiaires (entre deux cultures principales). Tous ces substrats sont broyés, mélangés, maintenus entre 38°C et 42°C (cas de la méthanisation mésophile) ou entre 50°C et 55°C (cas de la méthanisation thermophile). Le biogaz récupéré contient une majorité de méthane (entre 50 et 60% dans le cas d’intrants agricoles), le reste étant principalement du CO2 mais aussi de l’hydrogène sulfuré, H2S.

Le biogaz est valorisé en injection dans les réseaux de transport ou de distribution. Il est alors nécessaire de l’épurer pour qu’il contienne au moins 97% de méthane.

Le sous–produit de la méthanisation est le digestat : ce qui reste de la matière organique digérée. Ce digestat est valorisé en engrais organique épandage sur les parcelles agricoles. Ce digestat est inodore répondant ainsi aux besoins des agriculteurs de pouvoir épandre sans générer de nuisances olfactives. De plus, contrairement à l’épandage direct des effluents d’élevage, il contient moins de graines d’adventices (mauvaises herbes). Ainsi le digestat peut remplacer de l’engrais chimique et réduit l’utilisation de produits phytosanitaires.